Alban Jacques : « passionné par la transmission des savoirs auprès des étudiants »

De la ville blanche et bleue au grès rose d’une cathédrale

Solange Cassette (SC) : En 2001, vous obtenez une Maîtrise de Biologie à l'Université de Tours. Vous partez ensuite à 700 kms pour vos DEA et thèse à l'Université de Strasbourg et au laboratoire IBMP. Quelles raisons vous amènent à changer de région et à choisir l’Alsace pour continuer vos études ?

Alban Jacques (AJ) : J’ai eu une Maîtrise à Tours, mais en partenariat avec l’Université de Leiden aux Pays-Bas. J’avais déjà quitté Tours pendant la Maîtrise. Je l’ai finie dans un laboratoire où j’ai découvert la recherche. A la sortie de cette Maîtrise, j’ai postulé à plusieurs DEA. J’ai été pris à Strasbourg et choisi d’y aller car l’IBMP avait une bonne réputation en recherche sur les végétaux. Je voulais continuer mes recherches sur les interactions entre les plantes et les micro-organismes, découvertes à Leiden auprès de Johann Memelink, dans un laboratoire plutôt reconnu et avec une possibilité de concourir normalement pour un financement de thèse.

Et de la Petite Venise à Cologne en Allemagne

SC : Après votre Doctorat portant sur le tabac^[1], vous êtes ATER à l'IUT de Colmar. Puis, durant quatre ans, vous faites un Postdoc au Biozentrum de Cologne en Allemagne où vous travaillez sur une légumineuse Lotus japonicus L. Changer de pays et changer de thématique de recherche. Qu'est-ce qui explique votre choix ?

AJ : En fait, je n’ai pas vraiment changé de thématique de recherche. J’ai fait ma thèse sur les interactions plantes microorganismes pathogéniques en ayant comme modèle le tabac. On travaillait sur la mise en place de la réponse hypersensible chez le tabac. J’ai développé des recherches sur ces interactions-là et obtenu un poste d’ATER à l’issue de ma thèse. En continuité, après ma soutenance de doctorat, j’ai rejoint cette équipe de recherche qui travaillait sur les stress de la vigne à l’IUT Génie Biologique de l’Université de Haute Alsace. C’étaient toujours des mécanismes de stress et de défense qui étaient étudiés mais, cette fois-ci, la plante modèle était la vigne et plus particulièrement le rôle du stress dans la mise en place de l’embryogénèse somatique (le fait de produire un embryon à partir de cellules somatiques de vigne).

Puis, je suis parti en post doctorat et j’ai voulu m’intéresser à un autre type d’interaction plante microorganisme, cette fois bénéfique. Dans le laboratoire que j’ai rejoint à l’Université de Cologne, ils travaillaient sur Lotus japonicus ; mais j’ai aussi travaillé un peu sur la pomme de terre, dans le cadre d’une interaction symbiotique avec des champignons mycorhiziens à arbuscules. J’ai aussi travaillé sur les interactions plantes microorganismes, dans ce cadre bénéfique pour la plante et pour les microorganismes.

Un intérêt profond pour l’enseignement

SC : Vous avez très tôt commencé l’enseignement. Dès la deuxième année de thèse, vous faites des cours magistraux, des travaux dirigés, des travaux pratiques en Génie biologique. Depuis, vous n’avez jamais cessé. S’agit-il d’une passion pour la transmission des savoirs ? Quelle est votre motivation profonde ; qu’est-ce qui vous intéresse particulièrement ?

AJ : C’est ma passion ! Quand je suis parti en Hollande, c’est parce que « Je voulais faire prof comme mon prof ». J’avais un enseignant-chercheur que j’appréciais fortement. Quand je suis allé le voir pour lui dire que je voulais faire le même métier que lui, il m’a dit « Il faut faire une thèse ; il faut partir à l’étranger ; il faut parler Anglais ». Dès que j’ai commencé ma thèse, j’ai voulu donner des cours, trouver des moyens de faire de l’enseignement.

Pendant toute ma première année de thèse, j’ai cherché des endroits où donner des cours. L’IUT [de Colmar] m’a proposé d’intervenir auprès des étudiants. Ce que j’ai pu commencer dès ma deuxième année, puis pendant ma troisième année de thèse. J’ai participé à des cours d’immunologie, de biologie moléculaire à l’IUT : cours magistraux, travaux dirigés, travaux pratiques. Cela m’a passionné ; j’adore le contact avec les étudiants ! Quand j’ai cherché un Postdoc après le poste d’ATER, j’ai trouvé un poste dans lequel je pouvais donner des cours. Cela m’a permis de donner des cours de biologie moléculaire des plantes en Anglais, à des étudiants Allemands en Master de l’Université de Cologne. Et quand j’ai voulu revenir en France et trouver un poste fixe, l’accroche était toujours de trouver un poste d’enseignant-chercheur, pas uniquement de chercheur. Je suis vraiment passionné par la transmission des savoirs auprès des étudiants. J’adore les interactions avec eux. J’aime bien cette mise en scène qu’on a en cours.

Retour en France dans la ville rose : enseignant-chercheur à l’EIP

SC : Vous commencez vos travaux de recherche d’abord sur le tabac^[2], ensuite sur la vigne^[3], puis la légumineuse Lotus japonicus L.^[4] Depuis 2010 et votre recrutement à l’École d’ingénieurs Purpan de Toulouse (EIP)^[5], vous travaillez principalement sur la vigne. Qu’est-ce qui vous attire particulièrement dans cette plante ? Quels défis scientifiques devez-vous relever ?

AJ : J’ai toujours travaillé sur les interactions plantes microorganismes qu’elles soient bénéfiques ou néfastes. J’ai postulé à l’École d’Ingénieurs de Purpan sur un poste d’enseignant-chercheur dans lequel le profil de recherche n’était pas totalement défini. Ce qui était parfaitement défini était l’enseignement : des cours de physiologie végétale et de biochimie. Quand j’ai rejoint Purpan, il y avait un axe de recherche naissant sur les microorganismes impliqués dans les maladies du bois de la vigne, leur détection et la mise en place de leur colonisation des tissus ligneux. J’ai embrassé de manière très positive ce projet de recherche, en participant à la fin de l’accompagnement d’un doctorant à mon arrivée sur Toulouse ; puis en déposant des appels à projet pour de nouvelles thèses. J’ai créé un sillon pour moi à Purpan sur ces interactions plantes microorganismes au niveau de la vigne et dans les maladies du bois de la vigne.

C’est un challenge que d’étudier les interactions plante-microorganismes associées à l’esca de la vigne : c’est un pathosystème complexe parce qu’il y a deux champignons qui interagissent entre eux pour mettre en place la maladie de l’esca. L’esca est une maladie qui ne répond pas totalement au postulat de Koch^[6]. En effet, il faut parfois plusieurs années entre l’infection primaire et les premiers symptômes visibles au vignoble, c’est donc très difficile de mettre en évidence le postulat de Koch pour l’esca stricto sensu. Dans le bois, on arrive à mettre en évidence ce postulat de Koch.

Pour l’esca de la vigne, c’est plus complexe : il y a plusieurs champignons et le bois qu’on a au vignoble a été infecté parfois plusieurs années avant l’arrivée des symptômes. Ce sont des interactions plantes microorganismes passionnantes parce que complexes. Je me suis attelé, depuis que je suis arrivé à l’EI Purpan, à essayer de mettre en place un système dans lequel on analyse, on caractérise juste sur les interactions entre les tissus de bois et ses deux agents principaux pathogènes associés à l’Esca.

C’est un vrai challenge car c’est une plante pluriannuelle. C’est un pathogène qui n’infecte que des tissus lignifiés : il faut que cela soit des tissus de bois qui aient plus d’un an pour que le pathosystème puisse se mettre en place. Cela ne fonctionne pas sur des tissus verts. C’est un challenge aussi parce qu’il y avait très peu de choses moléculaires connues entre les tissus de l’hôte et le pathogène ; il n’y a pas tous les outils biotechnologiques qu’on pourrait avoir sur des plantes modèles pour étudier la mécanistique et les interactions entre les deux. C’est aussi un plaisir : on travaille sur une plante qui a un intérêt économique pour la région, pour le monde ; un produit que je peux aussi apprécier quand je ne suis pas au laboratoire !

Moyens pour la recherche dans un secteur clé : aujourd’hui et demain

SC : Concernant la viticulture, la France est mondialement 2ème pays producteur et 1er pays exportateur. C’est un secteur clé : 17% de la production agricole française totale, 12 milliards d’euros^[7]. Pensez-vous que les moyens humains et financiers pour la recherche dans ce secteur sont suffisants ? D’après vous, que faudrait-il privilégier ?

AJ : Je pense qu’il y a beaucoup de moyens et d’argent qui sont mis dans la recherche pour la viticulture et l’œnologie. C’est un milieu assez organisé ; il y a des appels à projet spécifiques pour la vigne. La Région Occitanie par exemple soutient fortement les projets qui sont associés à la vigne. Pour toutes les régions grosses productrices de vin, c’est structurant.

« Que faudrait-il privilégier ? » : l’adaptation aux changements climatiques des pratiques viticoles. Il y a bien sûr l’adaptation des pathogènes qui vont se développer de façons différentes selon les impacts du dérèglement climatique. Il y aura adaptation des cépages selon les pathogènes et des effets positifs ou négatifs. Si on veut maintenir un taux de production quantitatif et qualitatif à la hauteur de ces 12 milliards d’euros, il faudra s’adapter.

L’impact du réchauffement climatique sur des vins de Loire, du Pays nantais ou des régions qui ne sont toujours pas viticoles mais qui peuvent le devenir, comme la Normandie, le Nord ou la Bretagne ne va pas avoir le même effet que dans des régions à haute valeur ajoutée sur un nom : Bordeaux, Côtes du Rhône, Champagne. Pour le vin de Bordeaux, les gens attendent une certaine typicité. Mais si le contexte du dérèglement climatique change la définition de ce qu’est un vin de Bordeaux, ce n’est pas tout à fait la même chose que pour un vin dont la typicité est moins fortement associée à une marque-terroir.

Intégrer l’intelligence artificielle

SC : Au sujet du programme France 2030, le Ministère de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire annonce que « l’intelligence artificielle [sera] au cœur des nouveaux appels à projets pour le monde agricole et agroalimentaire »^[8]. Le PPGV est-il concerné par ce programme ? Va-t-il s’impliquer et répondre à ces appels à projet ?

AJ : C’est vaste ! L’intelligence artificielle, en tant qu’enseignant-chercheur, je la perçois dans tout ce qui m’entoure. On met en place des réflexions autour de l’utilisation de l’intelligence artificielle pour l’accompagnement des étudiants : comment former les étudiants à l’intelligence artificielle ; comment l’utiliser dans nos actes pédagogiques ; comment faire que les étudiants l’utilisent à bon escient pour progresser plus vite. Il y a tout un champ de l’enseignement qui va être fortement modifié par l’intelligence artificielle.

Je pense que les approches multiomiques dans lesquelles s’intègrent la plupart des projets de PPGV maintenant font appel à une réflexion autour de l’intelligence artificielle, à des outils de machine learning ou des réseaux de neurones artificiels. L’analyse de big data fait appel à tout cela.

PPGV : tout dernier laboratoire à rejoindre la FR AIB

SC : Le PPGV a rejoint la FR AIB en avril 2023. Pouvez-vous nous expliquer les raisons et le chemin qui ont conduit votre laboratoire à ce rapprochement ?

AJ : Le chemin va être long, mais on va essayer de le faire en synthétique ! A Purpan, il y avait des chercheurs qui travaillaient sur le végétal mais qui étaient intégrés à l’unité de recherche Toxalim historiquement. Ils travaillaient sur le soja et entraient dans la stratégie Toxalim : la toxicité alimentaire par le fait que le soja produit des composés métaboliques qui peuvent être décrits comme toxiques ou bénéfiques.

En 2016, Purpan a décidé d’autonomiser la recherche en végétal en créant l’unité propre PPGV qui n’a comme tutelle que l’EI Purpan dépendant de la DGER du Ministère de l’Agriculture. L’idée était de rassembler les enseignants-chercheurs qui travaillaient sur le végétal ; dans un historique de tout ce qui était structurant depuis les années précédentes et qui avait eu lieu à Purpan en recherche avec, comme modèle, les plantes. On a rassemblé huit enseignants-chercheurs qui travaillaient en 2016 sur la vigne, le soja et la stévia ; qui avaient des approches autour de la pathologie, de la génétique et la physiologie de l’accumulation de métabolites ; la pathologie était principalement en vigne. On a demandé à avoir une évaluation HCÉRES hors vague pour pouvoir se mettre face à ce qu’on avait créé. On a été évalué une première fois en 2017. Après cette évaluation, nous avons décidé de rejoindre la vague toulousaine normalement, au moment de « la vraie vague toulousaine ». On a été évalué une nouvelle fois deux ans après. C’était plus structuré.

A ce moment-là, on a commencé à avoir des réflexions autour des réseaux toulousains. A la sortie de l’évaluation HCÉRES, on a eu comme injonction de se rapprocher de la FR AIB parce que cela faisait sens. C’est à ce moment-là que Christophe [Roux] m’a contacté pour que la FR AIB se rapproche de PPGV. On est entré dans un flux d’interactions avec la Fédération, avec la possibilité de répondre à des appels à projet, la présence de nos doctorants dans les rencontres en 2021 et surtout 2022. On a intégré la FR AIB en avril 2023 et on est très contents.

De manière globale, les animations scientifiques au sein de la FR sont hyper intéressantes pour tous les membres de l’unité.

De la possibilité de l’IEP d’intégrer un établissement public expérimental

SC : Le Conseil d’Administration de l’Université Toulouse III Paul Sabatier (UT3) a récemment mandaté sa Présidente, Odile Rauzy, pour « travailler sur le projet d’établissement public expérimental (EPE) […] et entamer les négociations avec les partenaires potentiels »^[9]. Elle indique, dans un récent entretien, « Nous réfléchissons encore aux établissements qui pourraient nous rejoindre ».^[10] L’EI Purpan, rattachée à l’INP Toulouse, serait-elle concernée ? Si oui, pouvez-vous nous expliquer pourquoi et ce qui changerait alors ?

AJ : Oui, UT3 est venu voir l’EI PURPAN pour qu’on devienne établissement composante de cet EPE. PURPAN a trouvé cette démarche intéressante et très positive pour nous. Nous sommes devenus le premier établissement composant cet EPE.

SC : En fait, c’est quasiment acté ?

AJ : Oui, à l’endroit où je suis, j’ai l’impression que c’est acté pour janvier [2025] par la présence de l’EI Purpan, si cette création d’EPE est acceptée à un niveau ministériel.

Recherche, chercheurs, créativité et art

SC : Lors de votre JeudiSciences, en réponse à une chercheuse sur la connexion des pathogènes P-Min et P-Ch et l’agressivité de ce dernier, vous dites « Les chercheurs ne sont pas très créatifs ». Voulez-vous dire que les chercheurs suivent des chemins trop balisés parfois, alors qu’il faudrait sortir des sentiers battus, s’extraire d’une logique de pensée conventionnelle ?

AJ : J’ai répondu « à chaud » ! J’ai tendance à être un peu provocateur. Ce que je veux dire par là c’est que, dans le fonctionnement présent de la recherche, il est compliqué d’avoir une créativité sans finalisme. A mon niveau, on répond à des appels à projet sur du court terme, avec des obligations de publication puisqu’on est évalués sur ces publications. La prise de risque en recherche, qui permettrait de laisser libre cours à notre créativité est, en conséquence, quand même difficile. Mettre un étudiant en thèse, sur un projet risqué, où il faut débroussailler quelque chose, c’est le mettre dans une situation où il n’aura peut-être pas d’article à temps pour sa soutenance, il soutiendrait après avoir obtenu une dérogation.

SC : Cela veut quand même dire qu’il y a un chemin très balisé et les chemins de traverses potentiels sont minimes…

AJ : Mais la Fédération sert à déjouer un peu ça ! Elle permet de financer des projets inter laboratoires plus risqués et des shots de réflexion et de créativité sur un flux pouvant faire naître des idées sur le sillon qui tourne. Sur un chemin balisé, on peut ajouter une brique sur un projet qui a déjà eu lieu, en disant vers où on va aller. Dans la continuité de ce sillon, parfois le suivre fait naître de la créativité. On peut avoir une idée « Ah, il se passe quelque chose ! », mais comment on fait pour arriver à financer, pour organiser des réflexions autour de cela ? C’est la Fédération, les interactions et l’interdisciplinarité qui permettent de faire cela. On a aussi un apport de nouveautés technologiques et techniques qui permet d’être créatif.

SC : D’après vous, l’art, dans tous ses domaines, pourrait-il aider les chercheurs scientifiques à sortir d’un cadre peut-être trop rigide ?

AJ : Bien sûr, c’est indispensable ! L’ouverture d’esprit, se laisser surprendre… L’art, pas uniquement en tant que divertissement, mais comme outil qui interpelle, qui questionne voire qui provoque jusqu’à l’inconfort même ! Le seul endroit où l’on est vraiment créatif avec une totale liberté, c’est en art. Si un chercheur n’est pas connecté à l’art, il n’est pas connecté à la création. Cela me paraît tellement évident cette relation entre l’art et la science !